关于您提到的车辆质押债权转让协议，其效力问题需依据法律规定判断。《民法典》第五百四十七条规定，债权转让时，受让人取得与债权有关的从权利。但需注意，若协议存在违反法律、行政法规的强制性规定，如债权本身存在争议、质押车辆非债务人所有等情况，或存在欺诈、胁迫等情形，可能导致协议无效。因此，在审查协议时，需特别注意债权及质押车辆的合法性及是否存在上述无效情形。
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若车辆质押债权转让协议无效，处理车辆和已支付款项时，需根据具体情况操作：1.若已接收车辆，应尽快归还给原所有人，避免非法占有；2.对于已支付的款项，可尝试与原债权人协商退款，或依法提起诉讼要求返还；3.若因协议无效造成损失，可依法要求过错方赔偿。
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签订车辆质押债权转让协议时，需注意以下关键点：1.确认债权及质押车辆的真实性与合法性；2.明确债权转让的具体条件及双方权利义务；3.核实质押车辆的权属证明及是否存在其他权利负担；4.约定违约责任及争议解决方式；5.确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定。