首先，虽追诉时效已过，但仍需主动恢复原状。其次，依据相关法律法规，如未恢复耕地原状或原有功能，可能面临责令限期改正、罚款，甚至涉嫌犯罪。《土地管理法》等相关法律规定了恢复耕地及赔偿损失的责任，若不及时处理，可能导致耕地功能永久丧失，面临更严重的法律后果。
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常见的处理方式包括主动恢复原状、赔偿损失以及接受相关部门的责令改正或罚款。选择时，应根据实际情况判断，若破坏严重，应主动恢复原状并赔偿；若被相关部门责令改正或罚款，应及时履行，以避免更严重的法律后果。情节严重时，还需考虑可能的刑事责任。
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应尽快恢复。具体操作：1.立即停止破坏行为，评估耕地恢复情况；2.如可恢复，则采取措施恢复原状或原有功能；3.赔偿因此造成的农苗等损失；4.配合相关部门调查，接受责令改正或缴纳罚款；5.若情节严重，需准备接受刑事处罚。